中國醫學科學院病原生物學研究所(以下簡稱 “病原所”〉成立于2006年，病原所是衛生行業中唯一專業從事病原生物學研究的國家級科研單位。建所至今，病原所始終堅持 “育人才、建體系、活機制、造環境、穩發展、求創新”的發展原則，采取“邊建設、邊發展、邊積累”的實施策略，積極進取，銳意創新，各項工作逐步展開，研究所的發展日新月異。截至目前，病原所有編制內員工100余人，其中國家杰出青年基金獲得者4人、新世紀百千萬人才工程國家級人選4人、國家“萬人計劃”第一批科技創新領軍人才1人、協和特聘教授8人、高級專業技術職稱38人、研究生導師35人。

病原所的定位：根據國家中長期科技發展規劃，面向國家重大需求，瞄準國際科技發展前沿，突出衛生行業特色。通過建立全新的運行機制、建設人才隊伍、發展學科水平、構建技術平臺，增強創新能力，解決關鍵問題，發展核心技術，引領產業發展，保障人民健康。

病原所的任務：開展基礎、應用基礎和應用性研究，為相關領域研究水平的提升提供支撐；為重大公共衛生事件防控提供保障；為相關產業發展提供基礎。同時開展政策研究及教學工作；為相關領域培養高級人才。

病原所的研究領城：開展病原學、生物學、流行病學、免疫學、形態學、遺傳學、基因組學、蛋白質組學、生物信息學、結構生物學等多學科研究以及診斷、預防技術與產品的研發等。

病原所自成立以來，按照“定位明確、整體規劃、不斷創新、 穩步推進”的建所思路，以實驗空間、技術體系、學科建設、人才隊伍、對外合作、機制體制和所院文化等為工作重點。目前，10,000平方米現代化、標淮化裝飾的空間，為新址建設過渡期間的實驗和辦公提供了場地；3,000多臺件高精尖設備，搭建了基因組學、蛋白質組學、生物信息學、免疫學、細胞生物學、分子生物學、形態學、結構生物學等多種前沿和傳統技術的硬件平臺；一批來自國內外的中青年優秀人才，逐步形成了結構合理、層次分明、富有活力和發展潛能的研究和管理團隊；通過實體聯合、資源基地、項目合作、戰略聯盟等形式，在國內外逐步形成多個活躍的學術合作網絡和科研交流平臺；“員工至上，科技為先，民主創新，和諧發展”的治所理念;營造了一個有利于青年人才成長和發展的環境。2009年，成立僅3年 的病原所被評為“全國醫藥衛生系統先進集體”；2014年入選“國家創新人才培養示范基地”。